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為落實黨中央、國務院決策部署,進一步推動環境治理基礎制度改革,生態環境部于2018年1月發布了《排污許可管理辦法(試行)》(中華人民共和國環境保護部令第48號)。隨著排污許可制改革的不斷深入,政策要求發生了新變化,2020年底,生態環境部部印發《關于構建以排污許可制為核心的固定污染源監管制度體系實施方案》明確,“十四五”期間,推進固定污染源排污許可全覆蓋,環境要素全覆蓋,生態環境管理制度全聯動、全融合,落實排污許可“一證式”管理。
2021年3月1日,《排污許可管理條例》(以下簡稱《條例》)發布實施,進一步明確了排污許可申請、核發、登記的程序要求,明確了監管要求、強化了企業主體責任、規定了相關法律責任。2018 版《辦法》與《條例》等規定內容比較,在管理對象和范圍、管理程序和流程、管理內容、實施監管以及法律責任等方面,存在不一致,且缺少《條例》規定的排污登記、排污限期整改管理等相關規定,已經不能滿足排污許可現行環境管理需要。
為貫徹落實《排污許可管理條例》《關于加強排污許可執法監管的指導意見》(環執法〔2022〕23號),推動全面實行排污許可制,生態環境部組織修訂《排污許可管理辦法》(修訂征求意見稿)。

《排污許可管理辦法》(修訂征求意見稿)指出,各級生態環境主管部門應加大對無證排污、未按證排污等違法違規行為的查處力度和對典型違法案件的公開曝光力度。對偷排偷放、監測數據弄虛作假和故意不正常運行污染防治設施等惡意違法行為,綜合運用停產整治、按日連續處罰、吊銷排污許可證等手段依法嚴懲重罰。情節嚴重的,報經有批準權的人民政府批準,責令停業、關閉。構成犯罪的,依法追究刑事責任。
同時指出,對服務生態環境主管部門及企事業單位和其他生產經營者的排污許可技術機構實行信用管理制度。國務院生態環境主管部門出臺關于規范排污許可技術機構信用管理的指導文件,加強對技術機構管理、考核、退出和信用管理。各級生態環境主管部門應加強對排污許可技術機構的監督管理,對發現的弄虛作假等違法行為依法進行處理,將相關信息記入其信用記錄,在全國排污許可證管理信息平臺上公布,同時納入國家有關信用信息系統向社會公布;情節嚴重的,禁止從事排污許可技術服務;構成犯罪的,依法追究刑事責任。